1962年，日浜灣。日軍摧毀了又一只巨型怪獸，年輕的古生物學家本田浩（Hiro Honda）教授救下了它的后代，并迅速將這顆神秘的紅色蛋帶到了俄亥俄州辛辛那提市（Ohio，在日語中意為“你好”）的安全地帶。然而，飛機抵達后，本田教授不小心將蛋沖進了馬桶。蛋消失在俄亥俄河中，而當時一群物理學家正在辛辛那提市地下500層樓的秘密核地下設施SNUGI測試“超級裂變”能量。SNUGI是政府秘密核設施。