島田學校大暴走，讓人類和寄生獸的共存設想徹底破滅。泉新一（染谷將太 飾）的人生遭受巨變，他和里美（橋本愛 飾）似乎也因此事件出現隔閡。另一方面，田宮良子（深津繪里 飾）在生下孩子后心境漸漸發生變化，她設法令同伴以和平的方式融入人類世界，但是東福市市長廣川剛志（北村一輝 飾）則授意后藤（淺野忠信 飾）等寄生獸中的死硬派抹殺新一、小右（阿部隆史 配音）以及試圖曝光寄生獸存在的自由記者倉森（大森南朋 飾）。雙方的戰斗逐漸升級，全副武裝的警方開始沖擊廣川盤踞的市政府，而新一和良子則將再次迎來生命的巨大考驗……